Este monasterio es la tercera Fundación de Santa Teresa de Jesús, que fue creado por la Santa el día 11 de abril de 1568. A día de hoy, en él sigue viviendo una Comunidad de Monjas Carmelitas Descalzas.
El de Malagón es el único de los edificios de la Fundación que fue diseñado desde sus orígenes por la Santa como tal, en lugar de adaptar edificios previamente construidos (como podían ser palacios o casas señoriales) para esta función. Por este motivo, el monasterio de Malagón tiene impregnado el espirítu de la Reforma teresiana, tal y como se observa por su carácter austero y funcional tanto en el interior como en el exterior del recinto.
Este nuevo edificio fue inaugurado en presencia de la propia Santa Teresa a fecha de 8 de diciembre de 1579. Está formado por dos plantas, y sus dependencias se articulan en torno a un claustro central. El cuerpo inferior del claustro está formado por una gran puerta delimitada por columnas de piedra, mientras que el superior se compone de balaustres ordenados de forma que conducen a una galería abierta al patio. La planta baja, por otro lado, está construida con muros de mampostería, y la alta con tapial. Los forjados de las vigas son de madera, contrastando con los suelos que son de baldosa.
La Iglesia del monasterio está localizada en la zona oeste del edificio; es de una sola nave, que está cubierta por una bóveda de cañón y arcos fajones sobre columnas de tipo toscano, y además cuenta con una capilla lateral. Durante el periodo barroco fue sometida a una reforma que le dio la forma que conserva en la actualidad. En el presbiterio se abre una pequeña cúpula, pero esta no se puede ver desde el exterior.
Si esta Iglesia es increíble es debido a su magnífico Retablo Mayor, de estilo toledano, que data del año 1732. El Retablo está dedicado a la Santísima Trinidad, especialmente en la escultura que muestra a la Sagrada Familia. Por este motivo, la obra del arquitecto toledano Germán López es considerada una de las piezas más bellas del siglo XVIII en cuanto a retablos se refiere.
Santa Teresa vivió en este Convento en una celda privada, que aún se conserva junto a su silla y a su mesa. Una imagen de la Santa, en actitud sentada, se creó para identificarla, y aunque suele permanecer en reposo en este lugar a veces se ha sacado de procesión en alguna fecha o efeméride teresiana importante, como ocurrió en el V Centenario del Nacimiento de Santa Teresa (28 de marzo de 2015).
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